W trosce o zadowolenie naszych klientów w 2002 roku spółka wdrożyła System Zarządzania Jakością ISO 9001:2001. W 2006 roku rozszerzyliśmy system o normy PN-EN-ISO 14001:2005 i PN N 18001:2004 w zakresie projektowania, oprogramowania wykonawstwa, produkcji, eksploatacji i serwisu, doradztwa w zakresie systemów, obiektów, urządzeń: automatyki, telemetrii, pomiarów, informatyki, teleinformatyki i telekomunikacji, regulacji, elektroniki i instalacji sanitarnych. Następstwem powyższego w spółce Atrem S.A. został wdrożony Zintegrowany System Zarządzania: 

• Jakością - zgodny z normą PN-EN ISO 9001:2009
• Środowiskiem - zgodny z normą PN-EN ISO 14001:2005
• Bezpieczeństwem i Higieną Pracy - zgodny z normą PN-N 18001:2004
• Bezpieczeństwem Informacji - zgodny z normą PN-ISO /IEC 27001:2007
• Wymagania NATO dotyczące jakości zgodnie z AQAP 2110:2009
• Wytyczne dotyczące zarządzania jakością w przedsięwzięciach zgodnie z PN-ISO 10006: 2005
• Wytyczne dotyczące zarządzania konfiguracją zgodnie z PN-ISO 10007: 2005
• Wytyczne dotyczące planów jakości zgodnie z PN-ISO 10005: 1998